Opäť prichádza ku problémom s voľbou papeža. Svetská moc v osobe cisára začala presadzovať svojho kandidáta. Cisár poslal do Ríma senátora Festa, ktorý nadviazal styky s biskupom Laurincom. Zvolával porady, rozdával dary a vyznamenania, získaval hlasy pre Laurinca. Kandidátom väčšiny však bol Simachus. A tak prišlo k situácii, keď 22. nov. 498 zvolili väčšinou Simachusa/498-514/ a v ten istý deň aj protipapeža Laurinca.

Po nepokojoch na uliciach Ríma, cisár uznáva Simachusa a Laurinca odškodňuje biskupstvom v Nocere. Simachusa však naďalej prenasledovali a dokonca fyzicky napadli. Skrýval sa preto viac rokov v bazilike sv. Petra a žil tu ako vatikánsky väzeň. V tých časoch vystavali v Ríme tri veľké chudobince, financované z cirkevných peňazí. Na podnet tohoto papeža postavili bronzovú sochu sv. Petra, ktorá stojí do dnes.

Za panovania Hormizdasa/514-523/ sa snažil Rím urovnať spory na východe. Cisár Anastázius naďalej prenasledoval katolíkov a bol obhajcom ariánov. Keď ho roku 518 ako 88-ročného zabil blesk, jeho nástupca v tom videl Boží zásah a snažil sa preto urovnať spory medzi katolíkmi a ariánmi. A tak o rok neskôr prišlo k zmiereniu obidvoch strán. Nastalo obdobie jednoty v cirkevných otázkach, až na malé provokačné akty zo strany jednotlivcov. Jedným z takých aktov je výzva papežovi , aby sa vyjadril k názoru, že "jeden z najsvätejšej Trojice trpel a zomrel..". Rím reagoval vyhlásením, že veta je nesprávne formulovaná, správne má znieť: Jedna z troch Božských osôb trpela a umrela podľa tela. Provokatérov dal papež z Ríma vykázať.

Zmierenie Ríma s Carihradom bolo tŕňom v oku gótskemu kráľovi Teodorichovi, ktorý bol prakticky pánom Talianska a prívržencom ariáncov. Papeža Jána I./523-526/ vyslal nasilu do Carihradu zabezpečiť ariánom také isté podmienky ako majú katolíci. Papež síce odcestoval, ale v Carihrade na ariánov nemyslel. Korunoval cisára 19 apríla 525. Teodorich mal však v Carihrade špiónov a po návrate papeža do Ravenny, ho dal zavrieť do väzenia, kde po týraní zomrel. Nástupca gótskeho kráľa Teodoricha, Atanarich vyňal klérus spod svetskej jurisdikcie a od tej doby bol podriadený iba cirkevným súdom. V rokoch 526-530, kedy sedel na bikupsko- pápežskom stolci Félix III. dal sv. Benedikt postaviť na vrchu Monte Cassino kláštor. Pri voľbe papeža Bonifáca II. /530-532/ vyšli najavo fakty ohľadom simónie, svätokupectva. Bol z nej obvinený Dioskuros, ktorý bol dva mesiace protipapežom Bonifáca /po dvoch mesiacoch zomrel/.

Treba spomenúť fakt, že Bonifác bol kandidátom gótskej strany kléru, kým Dioskuros gréckej strany. Aby sa zamedzilo kupčeniu s cirkevnými hodnosťami a papežskou zvlášť, vrátil sa Bonifác o krok späť a určil ešte za svojho života nástupcu na papežský stolec. Onedlho však na nátlak kléru a verejnosti menovaciu listinu s menom Vigília verejne spálil. Dionýzus, rímsky opát, zostavil v tých časoch prvý kresťanský kalendár, ktorý uviedol do platnosti terajší kresťanský letopočet. Písal sa rok 531. Do toho času sa používal letopočet od založenia Ríma, tzv. urbe condita. Podľa neho, pripadol rok narodenia Ježiša na rok 734 po založení Ríma.

Prvým prípadom kedy si papež zmenil svoje pôvodné meno je 31. decembra 532 zvolený papež Merkúr. Nakoľko meno "Merkúr" malo pohanskú príchuť, zmenil si ho na Ján II. /532-535/

To priviedlo cisára k podnieteniu rímskeho senátu, aby prijal zákon, ktorý zakazuje svätokupectvo. Tento zákon mal byť vyrytý do mramorovej tabule a vyvesený v bazilike sv. Petra. K tomu sa pripojil aj samotný Jan II. Za jeho čias došlo k porazeniu ariánov v Afrike a tak sa otvoril priestor pre rozkvet kresťanstva. Dal postaviť kostolnú pohyblivú "ambonu", z čoho sa časom vyvinul dnešný "kancel". V r. 536 prichádza k zvoleniu Silveriusa /536-537/. Za jeho zvolenie sa veľmi zasadzoval gótsky kráľ, a ako už vieme, vládca Talianska. Kráľ Teodot mal v prvom rade na mysli zvolenie takej osoby, ktorá bude nezávislá na Carihrade a cisárovi. Na jeho výslovnú žiadosť bol zvolený Silverius. Táto nadiktovaná voľba sa nijako nepáčila Rímu, no netrvalo dlho a Silverius si získal srdcia aj svojich protivníkov. Bol prvým benediktínom v tejto funkcii, a to ešte za života sv. Benedikta. Byzantský vodca Belizár poráža gótov a obsadzuje Rím. Obyvateľstvo je šťastné, že sa zbavilo germánskej nadvlády. Carihrad začal intrikovať proti Silveriusovi. Povrávalo sa, že papež je naklonený gótom, ktorí ho dostali na trón a tak nechá tajne otvoriť brány mesta, aby ho mohli góti opäť obsadiť. Belizár tomu natoľko uveril, že nechal Silveriusa poslať do vyhnanstva na ostrov Palmaria a na jeho miesto vymenovať Vigiliusa, ktorý bol svojho času dopredu vymenovaným nástupcom Bonifáca. Silverius zomrel 538. Rok obliehali góti Rím, zničili známy vodovod a tak donútili časť obyvateľstva utiecť z mesta. Dobyť sa ho im však nepodarilo. Spory o závery Chalcedonského snemu /451/ keď sa hovorilo o Kristovi ako človeku i Bohu, prišli tak ďaleko, že carihradský cisár dal Vigilia dopraviť do Carihradu a po jeho nespolupráci napokon do vyhnanstva na Sicíliu. Ten odtiaľ menoval svojho nástupcu biskupa Valentína. Mal za úlohu rozdať všetko obilie, ktoré poslal Vigilius zo Sicílie hladujúcemu Rímu. /Odtiaľ "asi" sviatok sv. Valentína, moja pozn./. Valentín však onedlho zomrel a papeža zastupovali iní, Pelágius a Aplikatus. V r. 553 sa v Carihrade schádza na 150 biskupov a začína II. carihradský koncil. Celé pozadie, ohľadom sporu o Kristovo človečenstvo a božstvo, možno v tom čase označiť ako politické. Cisár, si mienil k svojej ríši istejšie pripútať Egypt, najbohatšiu časť ríše a ukázať kto má väčšiu moc. Po carihradskom koncile sa Vigílius môže vrátiť do Ríma, no na ceste zomiera.

V Ríme zastupoval Vigília diakon Pelagius a Aplikatus. V tej dobe bol Rím obliehaný, vládol hlad a bieda. Konské mäso bolo iba pre najbohatších, takmer nezaplatitelné, a bolo hlavne pre vojakov. Pelágius všetok svoj majetok, nadobudnutý počas svojho vyslanectva v Carihrade rozdal chudobe. Kríza vrcholila po vypuknutí moru a cholery, to donútilo papeža, aby sa obrátil na veliteľa gótov, ktorí obliehali Rím so žiadosťou o prímerie. Bol odmietnutý, góti vtiahli do Ríma 17 decembra 546 a Rím bol totálne vydrancovaný. Kedysi pyšné a bohaté rodiny žobrali od vojakov o kúsok chleba. Iba 40 dní trvalo a Rím pripomínal mŕtve mesto. Zástupca Vigília Pelágius odchádza do Carihradu. Cisár Justinián sa usiluje dostať Pelágiusa na papežský trón a darí sa mu.

Pelágius 555-560 sa zasadzuje za obnovu kostolov, a je proti simónii, svätokupectvu. Snaží sa o obnovu Ríma a neváha na tento cieľ obetovať aj výnos z majetku, ktorý ešte cirkvi zostal s tým, že majetok cirkvi je pokladaný za majetok chudobných. Nechal priniesť do Ríma relikvie, ako sú „jasličky z betlehémskej maštale, kópiu, ktorou bol prebodnutý Pán.... Nechal postaviť chrám, zasvätený Jakubovi a Filipovi. Po Palágiusovej smrti bol už na piaty deň zvolený Ján III. 561-574. Pri uvádzaní do funkcie papeža bolo potrebné obdržať súhlas cisára a ten bolo treba zaplatiť. Vyčerpaný Rím nevedel zohnať peniaze na tento účel a tak vyše štyroch mesiacov nemal papeža vo funkcii potvrdeného cisárom. V tomto čase bol Rím napádaný hordami longobardov, alemanov, frankov... ničili to čo z Ríma ešte zostalo. Nejednalo sa však iba o Rím, krajina stredného a severnéhoTalianska bola drancovaná do poslednej kapky krvi. Obyvateľstvo utekalo. Tento stav viacmenej trval počas celého obdobia Jána III.

V roku 575 rímsky biskup Benedikt 575-579 povýšil na arcidiakona Gregora a jeho úlohou bolo ísť ako misionár do Anglie. Tam sa však nedostal a po svojom návrate bol pravou rukou papeža Benedikta. Vynikal v oblasti cirkevnej politiky. Gregor ostal pravou rukou i u jeho nástupcu, ktorým bol Pelagius II. 579-590 a ním bol vyslaný do Carihradu s prosbou o pomoc cisárskeho dvora proti Longobardom, ktorej cisár vyhovel iba čiastočne. Dočasný mier ktorý trval tri roky poskytol dostatok času na usporiadanie cirkevných vecí v Ríme. Po trojročnom prímerí, Longobardi prepadli kláštor Monte Cassino a zničili ho do základov. Neštastní mnísi, ktorým sa podarilo včas utiecť do Ríma boli prichýlení v lateránskej bazilike. Tento benediktínsky kláštor bol obnovený až po 130 rokoch. Na dovŕšenie skazy postihla Rím povodeň. Zničené tak boli nielen vydrancované hnuteľné majetky ale aj umelecké diela, pamiatky a cirkevné sýpky. Opäť sa rozšíril mor, ktorý zasiahol aj samotného pápeža. V ďalšom období sa na scéne objavuje Gregor I. s prívlastkom „veľký“.....