Ešte za panovania Agapeta II. si Alberich zabezpečil aby sa jeho (pápežovým) nástupcom stal Oktaviánus, Alberichov syn. Išlo o jasný zámer, sústrediť svetskú i cirkevnú moc do rúk jednoho človeka. Keď Agapet v roku 955 zomrel, na jeho post skutočne dosadá 19-ročný Oktaviánus, ako Ján XII. (955-964). Politická situácia v Ríme sa však začala meniť a svetská moc prešla do rúk Berengára II.. To sa nepáčilo Jánovi XII a obrátil sa o pomoc na nemeckého kráľa Ota, ktorý v roku 961 vtiahol do Talianska a v Miláne sa nechal korunovať Lombardskou železnou korunou. Podmienkou pre jeho ďalšie ťaženie bola žiadosť, aby ho pápež Ján korunoval a pomazal za cisára svätej rímskej ríše. Ako protihodnotu ponúkol obranu proti každému nepriateľovi, navrátenie všetkých majetkov cirkvi a hlavne sľúbil, že on ani jeho miestodržiteľ nebudú nikoho súdiť a ani vydávať žiadne nariadenia bez súhlasu pápeža. Prakticky mu ponúkol stratenú politickú a svetskú moc. Niet sa čo čudovať, že korunovácia prebehla hneď začiatkom nasledovného roku (9.februára 962). Vzápätí cisár podpisuje "Pactum confirmationis", kde sú uvedené všetky majetky, tzv. "dedičstvá sv. Petra", na ktoré si Rím činí nároky. Ďalej sa v nej uvádza, že v budúcnosti sa bude voľba pápeža riadiť podľa cirkevného kánonu a intronizácia ¹ musí byť schválená cisárom. Listina bola písaná zlatým písmom na fialovom papieri.

Táto zmluva bola uzatvorená zjavne z nekresťanských pohnútok, s cieľom získať moc, majetok a ochranu. Po odchode Ota z Ríma však pozícia Jána XII. nebola taká ako ju predpokladal a začal preto paktovať s Berengárovcami. Nemecká strana zajala posla, ktorý poskytol dôkazy o tom že pápež sa obrátil na byzantského cisára a maďarského vojvodu aby napadli Nemeckú ríšu. To bol dôvod, prečo Oto opäť vtiahol do Ríma, tentoraz proti pápežovi, s ktorým len pred rokom a pol podpísal dohodu. 2. novembra 963 Oto porazil papežencov a samotný Ján XII, ušiel do Campánie. Na nasledovnej synode, ktorú zvolal cisár Oto do baziliky sv. Petra sa dozvedáme, že Ján XII. bol obvinený 50-timi talianskými a nemeckými biskupmi, že biskupov vysväcoval za peniaze; v Todi vysvätil za biskupa desať ročného chlapca; páchal cudzoložstvo; nechával mrzačiť svojich odporcov z radov kléru. Pápež im z Campánie odkázal, že v týchto obvineniach vidí iba snahu o jeho odvolanie a pohrozil, že tí ktorí sa to opovážia urobiť budú z jeho strany daní pod kliatbu. Napriek tomu ho synoda zbavila cirkevnej hodnosti a zvolila pápeža Leva VIII. Po odchode Ota z Ríma sa situácia opäť obracia, prichádza Ján XII. a spolu so svojimi priaznivcami vyhnal Leva z Ríma. Ako "hlava cirkvi a zástupca Boha" na zemi sa zachoval skutočne "kresťansky". Viacerých prívržencov Leva VIII. dal zmrzačiť, biskupov dal verejne bičovať. Vo februári zvolal synodu na ktorej odsúdil Leva VIII. a všetky jeho úkony vyhlásil za neplatné. O dva mesiace zahynul smrťou, ktorá potvrdzovala jeho obvinenie z cudzoložstva. Ako zaznamenal Liutprand, Otov dôverník, "Ján zomrel pri páchaní cudzoložstva, keď ho čert udrel po hlave". Vysvetlenie tohoto záznamu poskytuje dve možnosti, ktoré v tých časoch kolovali medzi ľudom, a to že zomrel na mŕtvicu priamo v posteli milenky, alebo že mu žiarlivý manžel rozbil hlavu.

Smrť Jána XII. priniesla upokojenie na nemeckom cisárskom dvore, kde sa už Oto chystal zo svojím vojskom do Ríma. V Ríme nastala v papežskom stave opäť situácia, kedy jeden zvolený pápež prežil toho druhého. Právoplatne zvolený Lev VIII. však už nebol akceptovaný klérom a tak si rimania volia ďalšieho pápeža Benedikta V. (964). Cisár Oto odmieta intronizáciu Benedikta a odkazuje do Ríma, že právoplatným pápežom je stále Lev, a on sám sa chystá do Ríma zjednať poriadok a Leva dosadiť na Petrov stolec. Prívrženci Benedikta mu držali stranu do tej doby, než Rím obkľúčil Oto so svojím vojskom. Ochotne vydali Benedikta a 25. júna Oto víťazne vtiahol do Ríma. V Lateráne sa konala synoda, ktorá počínanie Benedikta a jeho stúpencov odsúdila, a vyhlásila za právoplatného pápeža Leva III., ktorému Benedikt odovzdal pastiersku palicu a pállium. Lev sa zachoval výnimočne kresťansky a nikoho neprenasledoval. Ušetril i Benedikta a poslal ho do Hamburgu k biskupovi Adalgovi. Po smrti Leva III. (1.marca 965) ešte Benedikt žil a ak by si bol vedomý nespravodlivého odsúdenia, iste by sa vrátil na pápežský stolec. Ostal však v Hamburgu, až do svojej smrti, čím potvrdil, že nikdy v skutočnosti pápežom nebol. Zomrel 4.júla toho istého roku. Vyše dva mesiace trvala volebná kampaň, kým sa politici z radov šlachty a cirkevní manipulátori zhodli na spoločnom kandidátovi. 1. októbra 965 intronizovali Jána XIII., tuskulánského grófa, vlastným menom Ján Bonus. Po nepokojoch v nasledujúcich troch mesiacoch ho jeho oponenti odvliekli z Lateránskeho paláca do Anjelského hradu, odkiaľ sa mu podarilo ujsť ku Pandulfovi, kniežaťu v Capui. Napokon zasahuje cisár Oto a Ján XIII. sa vracia do Ríma. V jeho prípade sa však už naplno prejavila ľudská túžba po pomste a po svojom návrate nechal hlavných vodcov z radov oponentov zavraždiť a ostatných predhodil zmanipulovanému a rozvášnenému davu k lynčovaniu. Z vďaky za zásah zo strany cisára, korunoval jeho syna Ota II. za spolucisára. Na následnej synode vylúčil z cirkvi viacero "neposlušných" biskupov. V Lateránskej bazilike inštalovali nový veľký zvon, ktorý Ján XIII. posvätil a dal mu meno "Ján Krstiteľ". Za jeho obdobia bolo priznané opátom právo nosiť biskupské insígnie, biskupská palica, infula, prsťen a na prsiach zlatý kríž. Ján zomrel 6.septembra 972 a o pol roka ho nasledoval i Cisár Oto I., ktorý dostal pomenovanie "Veľký".

Misionárska práca na poli Evanjelizácie rýchlo napredovala v Čechách a Poľsku. Po začiatkoch pôsobenia Metoda v nej pokračoval Bořivoj spolu so svojou manželkou Ľudmilou a neskôr sa pridal ich vnuk Václav I.. Knieža Boleslav však vzbúril tú časť pohansky cítiacich čechov, ktorí v roku 935 Václava zavraždili a posadili na trón Boleslava I. Po zásahu cisára Ota bol donútený dať misionárom určitú voľnosť. Jeho syn Boleslav II. bol panovníkom uznávajúcim kresťanské hodnoty a prívržencom misionárov, Evanjelistov. Pričinil sa o založenie biskupstva pražského, ktoré odobril i Ján XIII. s podmienkou aby sa liturgia vykonávala v latinskom jazyku.

Dcéra českého kráľa Boleslava, Dobrava sa stala manželkou poľského kniežaťa Mieška a na jeho dvor priniesla i kresťanskú vieru. Neskôr sa začala šíriť i medzi ľudom. Podobne ako v Čechách, bolo v Poznani založené biskupstvo i keď s rovnakými podmienkami vykonávania liturgie v latinskom jazyku.

Ďalšia volebná kampaň trvala 4 mesiace. Na trón sa dostáva Benedikt VI. (973-974). Po jeho zvolení prišla správa, že cisár Oto I., ktorý ho presadzoval do tejto funkcie zomrel. Okamžite sa ozvala opozícia, Benedikta uväznili v Anjelskom hrade, a po krátkom čase zavraždili. V čele opozície stál Krescencius, brat zomrelého Jána XIII. a Bonifacius Franco alias Melefacius, ktorého opozícia zvolila za pápeža s menom Bonifác VII.. Ani on sa však na poste hlavy cirkvi dlho nezohrial. Prívrženci opozície (s najväčšou pravdepodobnosťou z radov zavraždeného Benedikta) proti nemu ostro vystúpili. Pred svojím útekom z Ríma stihol so svojim priateľom Krescenciom vykradnúť kostolné pokladnice. Namierili si to do Carihradu, kde ich prijali už ako odporcov papeženstva napriek tomu, že Bonifác bol voleným pápežom. Jeho nástupca ho ihneď na začiatku svojho panovania exkomunikoval z cirkvi na prvej synode, ktorú sám zvolal. Možno preto bolo prijatie Bonifáca v Carihrade také srdečné.

Po smrti Ota "Veľkého", nastupuje na trón jeho syn Oto II., ktorého už za spolucisára korunoval Ján XIII.. Jeho favoritom na pápežskú tiaru bol Majolus, opát kláštora Cluny. Nech boli dôvody akékoľvek, Majolus kandidatúru odmieta a tak sa pápežom stáva Benedikt, z tuskulánskej grófskej rodiny. Ako sme už uviedli, na prvej synode, ktorá bola zvolaná na odsúdenie "protipapeža" Bonifáca, ho exkomunikoval.

V roku 981 bojoval cisár Oto II. proti Saracénom a vojnu prehral. V tom čase sa začalo kresťanstvo šíriť medzi Maďarmi zásluhou misionárskej činnosti, ktorú odobril i maďarský vojvoda Gejza na podnet pasauského biskupa Piligrima. Samotného Gejzu pokrstil spolu s jeho synom Štefanom, neskôr uhorským kráľom roku 986 v Ostrihome biskup pražský, Vojtech pri jednej svojej misijnej ceste. 7.októbra 983 zomiera Benedikt VII. a na jeho miesto prichádza arcibiskup z Pávie Peter. Zvolil si meno Ján XIV. a od tohoto času si už každý novozvolený pápež bude voliť nové meno. Onedlho po intronizácii zomiera v Ríme Oto II. vo veku 38 rokov. Ako jediný cisár je pochovaný v bazilike sv. Petra. Pápežský stolec tak stratil mocnú ochranu, preto sa z Carihradu vracia Bonifácius Franco, ktorý musel pred časom z Ríma ako protipápež utiecť. Netrvalo dlho a Bonifác VII. už pevne drží politickú a cirkevnú moc vo svojich rukách. Pápež Ján XIV., bol uväznený v Anjelskom hrade kde ho 20.augusta 984 zavraždili. Podobnému osudu neunikol ani Bonifác VII., ktorého zavraždili o 11 mesiacov neskôr a jeho telo nechali ležať na Lateránskom námestí. O tom kto a kde ho pochoval moje zdroje nehovoria.

Niektoré zdroje uvádzajú, že po smrti Bonifáca VII., mal na trón na štyri mesiace nastúpiť Ján XV.. Rím to však spochybňuje, s odvolaním sa na fakt, žeby sa jednalo o protipápeža a vyhlasuje Jána XV. za nikdy nejestvujúceho. Preto sa v rôznych dejepisných a historických knihách môžeme dočítať rozporné informácie. Podľa toho, či dejepisec uznáva Jána XV. alebo nie, mení sa počet pápežov, či číslovanie za menom nasledujúcich Jánov až po posledného. Kvôli objektivite budem teda uvádzať dve čísla u ich mien, prvé podľa Ríma, druhé podľa iných zdrojov.

Ako 139-tý pápež (podľa Ríma) nastupuje až v roku 985 Ján XV. (XVI.) 985-996. Liber Pontificalis o ňom hovorí, že celý ročný výnos z pápežských majetkov delil medzi svoju rodinu, čo bolo tŕňom v oku i u svetského vládcu Ríma Krescenciusa ². Situácia sa vyhrotila natoľko, že Ján XV., (XVI.) z Ríma utiekol k toskánskemu grófovi a odtiaľ žiadal pomoc od cisárského dvora. Po jeho návrate do Ríma začala pápežská autorita upadať. Dôvodom boli spory ohľadom arcibiskupského postu v Reims. Roku 987 nastúpil na kráľovský trón vo Francúzsku Hugo Kapet, čo vyvolalo nespokojnosť po tom ako na arcibiskupské miesto vymenoval Arnulfa, nezákonného syna kráľa Lothara. Toho po dohode francúzskych a nemeckých biskupov odstránili a na jeho miesto vymenovali profesora teológie Gerberta.

V snahe získať opäť rozhodujúce postavenie na čele cirkvi, rozhodol sa Ján XV. (XVI.), pre prvé kanonizovanie za svätého. Vybral si augsburského biskupa Ulricha. Roku 993 sa zišli vo vatikánskej bazilike kňazi a vyšší klérus, i obyčajní ľud, laici. Pred všetkými bol prečítaný životopis biskupa Ulricha a boli vymenované zázraky, ktoré ( či počas života alebo po jeho smrti ) boli jemu pripisované. Na záver pápež vyhlásil.
Cit: Keďže ctihodná pamiatka nebohého biskupa Ulricha sa už uctila ako svätá, nech sa táto úcta ešte stupňuje pre väčšiu slávu Božiu! A keby niekto predsa pochyboval o jeho zásluhách, bude z Cirkvi vylúčený!

Rozhodnutím cisára Ota III. sa na papežský stolec dostáva jeho príbuzný, syn karintského kniežaťa, dvorný kaplán cisárskeho dvora, Bruno. Vyvolil si meno Gregor V. (996-999). Tri týždňe po jeho intronizácii korunoval slávnostne v Ríme Ota III. za cisára svätej rímskej ríše. Gregor V. bol prvým nemeckým papežom v dejinách. V Ríme však v tom čase stále pôsobil Krescencius, ktorý disponoval veľkým vplyvom i na klérus. Šikovne využil nemecký pôvod nového pápeža a zorganizoval proti nemu dve vzbury. Pri druhej bolo veľa ľudí nemeckého pôvodu zavraždených a samotný Gregor musel z Ríma utiecť. Na jeho miesto nastúpil Ján Filogata, pod menom Ján XVI. ³, Gregor sa obrátil na cisára Ota s prosbou o pomoc a skutočne vo februári roku 999 obsadili Rím. Protipápež Ján XVI. ušiel do Campánie, tam bol zadržaný a dovlečený späť do Ríma, kde ho na pohanu vozili ulicami mesta na somárovi. Oveľa horšie však dopadol Krescencius, ktorý sa ešte istý čas bránil v Anjelskom hrade. Po tom ako sa vzdal, ho svetská moc spolu s cirkevným súhlasom udsúdila. Vykľali mu oči, obliekli ho do kravskej kože a takto musel štvornožky chodiť po Ríme. Potom ho vyviedli na balkón Anjelského hradu, sťali mu hlavu a mŕtve telo vyvesili na pranier Monte Mario. Onedlho zomiera i Gregor, jeden z najmladších pápežov a prvý nemec na tróne. Mal 27 rokov.

Prvým francúzom, ktorý sa dostal na pápežský stolec bol už spomínaný profesor teológie, neskorší biskup v Reims, pozdejší arcibiskup v Ravenne Gerbert. Vybral si meno Silvester II. 999-1003. Bol vzdelancom, vychovaný v kláštore sv. Gearlda, zaoberal sa aj filozófiou, lekárskou vedou, fyzikou, matematikou a i kontroverzným hvezdárstvom. Chcel napodobniť dobu spred 700 rokov, časy kedy vládol Konštantín Veľký, jeho cieľom bolo povzniesť Rím z úpadku, nemorálnosti a zla. Naznačil program všeobecnej cirkevnej reformy, ktorú však už uskutočniť nestihol. Blížil sa koniec prvého tisícročia a ten očakávali kresťania s veľkým napätím. Prevládala všeobecná mienka, že nastane koniec sveta, vráti sa na zem Kristus a ľudia očakávali súdny deň.

V roku 1001 prišla do Ríma uhorská deputácia pod vedením opáta Astricha. Žiadala korunovanie vojvodu Maďarov, Štefana za uhorského kráľa a odobrenie novozaloženého arcibiskupstva v Ostrihome. Pápež nielenže vyhovel žiadostiam, ale nadôvažok udelil jemu, (Štefanovi, uhorskému kráľovi) a jeho nástupníkom titul "Apoštolský kráľ"! To znamenalo, že uhorskí králi mohli dať nosiť pred sebou "dvojitý kríž", čím sa stali zástupcami pápeža vo svojej krajine. Pápež vydal v Ríme nariadenie, aby sa 2. november, deň po "Dni Všechsvätých" slávil i ako pamätný deň zomrelých, tzv "Dušičky". Ako prvý ho do praxe uviedol Odilo, opát clunského kláštora.
23. januára 1002 vo veku 22 rokov zomrel cisár Oto III. a 12.mája 1003 zomrel Silvester II..

Len na štyri mesiace v roku 1003 sa dostal na pápežský stolec Ján XVII. (XVIII.). Začala sa tak takmer polstoročná éra, kedy na trón usadali príslušníci tuskulánskej grófskej rodiny. Po ňom nastupuje Ján XVIII. (XIX.) 1003-1009, vlastným menom Fazana. Je jedným z mála pápežov, ktorí odstúpili z pápežského trónu.